Τις πληγές τους από το πέρασμα του «Ιανού» μετρούν τα μουσεία της Καρδίτσας, ειδικά εκείνα που διαθέτουν υπόγειους χώρους, αν και η ακριβής εικόνα της έκτασης και του κόστους των ζημιών θα ξεκαθαρίσει τις επόμενες μέρες. Σύμφωνα με ανακοίνωση του ΥΠΠΟ ο υπόγειος χώρος του Αρχαιολογικού Μουσείου Καρδίτσας, έκτασης 500 τ.μ., γέμισε με νερό που έφτασε σε ύψος τουλάχιστον 2 μέτρων. Μετά την αυτοψία της Εφορείας Αρχαιοτήτων Καρδίτσας διαπιστώθηκε ότι ο χώρος της αποθήκης του μουσείου γέμισε με λάσπη πάχους περίπου 15 εκατοστών. Με λάσπη γέμισαν και τα κιβώτια που περιείχαν αρχαία αντικείμενα της συλλογής του. Επίσης, έπιπλα, κιβώτια, εργαλεία και μηχανήματα παρασύρθηκαν από το νερό, ενώ το περιεχόμενο από μεγάλο αριθμό κιβωτίων διασκορπίστηκε σε ολόκληρη την έκταση της αποθήκης. Οι αεραγωγοί του συστήματος κλιματισμού αποκολλήθηκαν και έσπασαν σε κάποια σημεία, ο μηχανολογικός εξοπλισμός είναι καλυμμένος με λάσπη, ζημιές προκλήθηκαν στα μηχανήματα του ανελκυστήρα, ενώ το μουσείο παραμένει χωρίς ρεύμα και λειτουργεί με γεννήτριες.
Η υπουργός Πολιτισμού Λίνα Μενδώνη ζήτησε να αγοραστούν κοντέινερ για να τοποθετηθεί η συλλογή που υπέστη ζημιές από την πλημμύρα και να ξεκινήσουν εργασίες συντήρησης.
Οι υπόγειες αντλίες του μουσείου δεν δούλεψαν διότι υπήρξε διακοπή ρεύματος τρεις ώρες πριν από την πλημμύρα, ενώ η ηλεκτρογεννήτρια του μουσείου δεν κατάφερε να αντεπεξέλθει λόγω της σφοδρότητας του φαινομένου.
Για τους ίδιους λόγους δεν λειτούργησαν οι αντλίες και στη Δημοτική Πινακοθήκη Καρδίτσας, την οποία θα εξετάσουν συντηρητές του ΥΠΠΟ. Το νερό στο υπόγειο της πινακοθήκης ξεπέρασε τα 2 μέτρα, ενώ μέχρι και χθες δεν είχε ολοκληρωθεί η άντληση των υδάτων. Η Πινακοθήκη λειτουργεί από το 1993 και διαθέτει περίπου 5.000 έργα, κυρίως Ελλήνων ζωγράφων που κατάγονται από την Καρδίτσα αλλά και πιο σύγχρονων δημιουργών. Ο φόβος των στελεχών της Πινακοθήκης είναι για την κατάσταση των έργων που βρίσκονται σε μία από τις πλημμυρισμένες αποθήκες τους.
Ευτυχώς σε καλύτερη κατάσταση βρίσκεται το Μουσείο Πόλης της Καρδίτσας το οποίο δεν διαθέτει υπόγειους χώρους. Το ισόγειο του κεντρικού κτιρίου πνίγηκε μεν στη λάσπη αλλά δεν παρουσιάζονται σοβαρές φθορές στο εσωτερικό του.
